C'est l'Assemblée générale qui fixe le barème des cotisations annuelles des membres réguliers et associés selon le nombre d'étudiants dans leur établissement.
Les membres sont tenus de s'acquitter chaque année du paiement de leur cotisation. Seules les associations universitaires en sont exemptées.
La cotisation doit être payée en devise américaine, au Secrétariat général de l'OUI, à Québec, Canada. Seule une décision du Conseil d'administration peut exceptionnellement modifier cette règle.
Seuls les membres qui ont payé la cotisation de l'année en cours peuvent participer aux activités des programmes mis sur pied par l'OUI.
Pour être relevé de son obligation, un membre doit adresser une demande écrite à cette fin au secrétaire général exécutif qui la soumettra au Conseil d'administration. Le secrétaire général exécutif informera le membre de la décision prise par le Conseil et lui proposera, s'il y a lieu, un arrangement financier. Une exemption n'est valable que pour l'année où elle a été accordée. Un membre ne peut obtenir plus de deux exemptions consécutives.
Un membre qui n'a pas obtenu d'exemption de paiement pour une année est considéré comme redevable à l'Organisation du paiement de cette cotisation. Il en sera informé dans l'avis de paiement de cotisation suivant et sa facture indiquera le solde impayé de l'année ou des années antérieures. Tous les membres se retrouvant dans cette situation seront invités une fois par année à régulariser leur situation par le vice-président de leur région.
Un membre qui ne paie pas sa cotisation pendant trois années consécutives devient, la quatrième année, passible de désaffiliation.
Le secrétaire général exécutif portera à la connaissance du Conseil d'administration la liste des membres passibles de désaffiliation pour non paiement de la cotisation annuelle. Après analyse, le Conseil d'administration chargera les vice-présidents régionaux ou les conseillers nationaux concernés d'informer ces membres de la situation.
À la réunion suivante du Conseil d'administration, les vice-présidents régionaux ou les conseillers nationaux feront rapport de leur intervention. Si la démarche n'a pas produit les résultats escomptés, le Conseil d'administration pourra prendre alors la décision de recommander à l'Assemblée générale la désaffiliation de ces membres.
Ces désaffiliations deviendront officielles après avoir été ratifiées par l'Assemblée générale.